Şile kazılarına ilişkin davaya bakan İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi'nin, aralarında hukuki ve fiili irtibat bulunduğu gerekçesi ile Ergenekon davaları ile birleştirilmesi konusunda İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce muvafakat verildi. Şile kazılarına ilişkin davanın Ergenekon ana davası ile birleştirilmesine onay verilirken birleştirme kararının ardından, Ergenekon ada davasında tutuklu sanık sayısı 34'e, toplam sanık sayısı ile 112'ye yükselmiş olacak.
İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi, Şile davası ile aralarında hukuki ve fiili irtibat bulunduğu gerekçesi ile Ergenekon ana davası ile bu davanın birleştirilmesi konusunda İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nden muvaffakat istemişti. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi de, her iki davanın birleştirilmesi istemini kabul etti. 3'ü tutuklu 4 sanıklı Şile kazısı davasının da birleştirilmesiyle birinci Ergenekon davasında sanık sayısı 112'ye çıkacak. Tutuklu sanık sayısı ise 34 olacak.
Şile'deki ormanlık alanda yapılan kazıya ilişkin TİKKO itirafçısı olduğu ileri sürülen Ulaş Özel, PKK itirafçısı olduğu ileri sürülen Hüseyin Yanç ve Okan İşgör tutuklu, polis memuru Yusuf Ethem Akbulut ise tutuksuz yargılanıyor. 7 Aralık 2011 tarihli kararında, dosyanın birinci ve ikinci Ergenekon dava dosyaları arasında hukuki ve fiili irtibat bulunduğunun anlaşıldığını kaydederek birleşme konusunda İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin onayının sorulmasına hükmetmişti.
Bu arada mahkeme heyeti, Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne yazı yazılarak Türkiye’de 1990’dan bu yana faaliyet gösteren Alman Vakıflarının listesini istedi. Ayrıca, tanık Talip Doğan Karlıbel'in ifadesinde geçen "Heinrich Böll ve Heinrich Böll Stiftung" vakıflarının gelir gider tablosunun gönderilmesini talep etti. Alman Kiliseler Birliğine yazı yazılarak 2000 ile 2006 yılları arasına ait raporların birer örneğinin gönderilmesi de istedi.